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不同微生物菌及代谢产物是影响生物有机肥肥效的重要因素，通过直接和简介作用影响有机肥肥效。生物有及有机肥中有机物质种类和C/N值也是影响其肥效的重要因素，如粗脂肪、粗蛋白含量高则土壤有益微生物增加，病原菌减少，含C量高则有助于土壤真菌增多，含N量高则有助于土壤细菌增多，C/N值协调则放线菌增多，有机物中含硫的氨基酸含量高则明显抑制病原菌，几丁质类动物废渣含量高将增加土壤木霉、青霉等有益微生物，简介提高生物有机肥肥效。不同生物有机肥组成不同，其养分含量和有效性亦不同，含动物性废渣、禽粪、饼泊高的生物有机肥肥效高于含畜粪、秸秆高的生物有机肥。

      增加有机肥与生物有机肥使用量，合理减少化肥用量，加快农业有机废弃物无害化、资源化利用已成为21世界农业生产的主流和风向。今后应进一步加强选育高效微生物菌种高的研究，科学配方有机肥原料，不断完善处理工艺、生产工艺及施肥技术，提高生物有机肥肥效，以促进无公害农产品和有机农业的发展。