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有机肥生产企业的企业所得税，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税（三免三减半）。 　　

具体法律依据： 　　

《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条第三款规定：企业从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，可以免征、减征企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》 　

　第八十八条规定：企业所得税法第二十七条第（三）项所称符合条件的环境保护、节能节水项目，包括公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等。项目的具体条件和范围由国务院财政、税务主管部门商国务院有关部门制订，报国务院批准后公布施行。企业从事前款规定的符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税（三免三减半）。 　　

   实施条例第八十九条规定：依照本条例第八十八条规定享受减免税优惠的项目，在减免税期限内转让的，受让方自受让之日起，可以在剩余期限内享受规定的减免税优惠；减免税期限届满后转让的，受让方不得就该项目重复享受减免税优惠。 　　

   国家对生物有机肥行业的最新政策。有机肥设备，有机肥生产线，有机肥造粒机，有机肥生产设备。国家层面早在十年前就启动了以增加土壤有机质为重点的“沃土工程”，此后有机肥作为“十一五”重点扶植的肥料品种之一越来越受到党中央的重视，近年来，“中央1号”文件多次提出“鼓励农民增施有机肥”。 　　

   然而，目前还没有国家层面针对有机肥的补贴，化肥行业享有的能源价格、用电、铁路运输等优惠政策却把有机肥拒之门外（2006年起有机肥免受增值税），有机肥的运输价格比化肥要高一倍，只有部分省市开展了有机肥补贴。 　　

   最早开展有机肥补贴的是上海市，有机肥设备，有机肥生产线，有机肥造粒机，有机肥生产设备。从2004年试点统一采购1.5万吨有机肥，此后推广数量逐年增加，2009年达到16万吨，2004-2008年有机肥市场指导价为400元/吨，市财政补贴标准时250元/吨，各县区增加50-100元/吨的补贴，有关乡镇在此基础上再给予补贴，2009-2011年的补贴额度为200元/吨。江苏省2006年开始补贴，每吨由省财政补贴150元，市财政补贴50元；北京在2007年开始实施补贴政策，每吨补贴250元，山东省有机肥补贴于2008年起步，每吨补贴300元。北京有机肥示范推广主要针对种植大户和专业合作社（生态农业产业基地），正是有了补贴他们才开始大面积使用有机肥，进而带动周边小农户使用有机肥。 　

　扩展阅读： 　　

   1、增值税：《财政部、国家税务总局关于有机肥产品免征增值税的通知》（财税〔2008〕56号，以下简称《通知》）规定，自2008年6月1日起，纳税人生产销售和批发、零售有机肥产品免征增值税。应按照《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令〔1993〕第134号）、《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（财法字〔1993〕第38号）等规定，单独核算有机肥产品的销售额。未单独核算销售额的，不得免税。同时，销售免税的有机肥产品，应按规定开具普通发票，不得开具增值税专用发票。 　　

   2、企业所得税：自2008年1月1日起，企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：1.蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；2.农作物新品种的选育；3.中药材的种植；4.林木的培育和种植；5.牲畜、家禽的饲养；6.林产品的采集；7.灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；8.远洋捕捞。 　

　3、企业从事下列项目的所得，减半征收企业所得税： 　　

 （1）花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植； 　　

 （2）海水养殖、内陆养殖。