畜禽粪便发酵方法常用的有堆积发酵和塑料袋发酵。此法可杀灭致病微生物和寄生虫卵，加工过程中不散发臭气，且养分损失很少，所生产的饲料适口性好。
堆积发酵是将新鲜鸡粪收集起来，然后倒入缸内，用水泡开、搅拌、待沉淀后除去上层杂质和下层泥沙。取中层纯鸡粪，把水沥干。每10kg鸡粪加酵母片15～20g,糖钙片15～20片，土霉素5～6片，堆积发酵5～6h即可利用。
塑料袋法是将鸡粪加入米糠、麸皮和草粉等，装入塑料袋中，压紧、封严，经过3～5d即可饲用。
此外，还可以利用氧化沟、膨化法、化学物质处理法等对畜禽粪便进行处理，都可以取得很好的效果。
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