有机肥较之化肥的一个突出的特点就是可以培肥土壤，从长远来看对整个农业体系有益，从宏观来看可以对整个农业生态系统起到平衡的作用，对于实现社会、经济和生态效益都具有积极的意义。
土壤有机质含量是衡量土壤肥力的一项重要指标， 是土壤肥力的物质基础。土壤有机质直接影响着土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等。施用生物有机肥不仅能补充被消耗的植物养分， 而且还能不断提高土壤有机质含量。
目前我国耕地中， 80%的面积缺氮， 50%缺磷， 30%缺钾，有机质不足 1%。而各类有机肥资源中通常含有机质 60%以上，含氮 2.5%，含磷 2%以上，不但是良好的肥源，还是良好的土壤改良剂。
有机肥养分全面，含有作物生育必需的大量元素和微量元素，还含有丰富的有机质，有些能够直接被作物吸收利用，有些经过微生物的分解释放被作物利用。它还含有大量微生物及其分泌物和酶、激素、生长素等活性物质，可促进作物根系发育，使作物更好地利用土壤中的养分。有机肥可提高土壤有机质含量，改良土壤理化性质，从而使土壤中氮、磷等营养元素含量增加。
有研究表明，在苹果园中施用有机肥后， 有机质含量较对照增加 75.8 %，土壤容重较对照降低 12.50 %，毛管孔隙度增加 9.8 %，可以明显改善土壤结构，增加土壤孔隙度，提高土壤保水保肥和通气能力有机质经微生物分解，缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的粘土及钙离子结合，形成有机无机复合体，促进土壤中水稳性团粒结构的形成，从而可以协调土壤中水、肥、 气、热的矛盾，改善土壤结构，使土壤疏松，耕性变好。
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