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发酵初期是中温微生物旺盛繁殖并释放出热能,开始活跃的对有机物进行分解和代谢,不断提高物料温度的过程,这一阶段中,在好氧条件下,容易被微生物分解的有机物质,如蛋白质、淀粉类物质、简单的糖类物质等迅速分解,产生大量的热。这一阶段的微生物以中温需氧型种类为主,其中最主要的有细菌、真菌和放线菌。从发热阶段到高温阶段之间有一个“起爆期”,即温度由不变或缓慢上升到突然急速上升的过程。为了缩短堆肥时间,通常在发酵初期在堆肥原料中加入“起爆剂”,即一些含碳量高等微生物容易利用的物质,使微生物迅速增殖,积累热量到高温阶段。