有机肥厂应根据秩序、效率的原则进行设计和建设，所谓秩序原则就是布局应遵循有机肥生产系统顺序和工艺顺序，保证工艺的顺畅；所谓效率原则就是布局应能满足最大限度地提高劳动生产效率，保证生产的便捷，能以较低的能耗、较少的用工、适宜的劳动强度获得较高的产能和最佳产品质量。
1，区域布局
总体布局要功能分区明确，建筑平面布局要考虑洁污分区的环境卫生要求。在资金、场地允许的情况下，应尽可能地明确划分生产区、办公区和生活区，尽量减少有机肥原料对办公环境和生活环境的影响；同时也便于维护和保持厂内正常生产秩序。一般情况下，应将办公区和生活区安排在整个项目的上风向。
2，系统布局
系统布局要充分考虑有机肥厂生产的原料、工艺以及产品的特点。一般情况下，选用的有机肥原料多为有机废弃物，如畜禽粪便、市政污泥和城市垃圾等，水分大，臭味重，运输、储存及预处理过程中多少会对生产生活和周边环境产生一定影响。布局设计中，应将原料储存系统和预处理系统建设在项目区的下风向；同时，在满足工艺要求的情况下，布局的设计要尽可能地提高场地或土地的利用率。
3，系统规模
一般情况下，系统规模是由项目规模决定的，但原料种类、原料性质、产品类型以及工艺因素也影响到系统设置的大小。例如，原料的性质、来源决定原料储存系统的大小，原料水分低、来源广、取运方便的，相应储存系统规模就小，反之就越大；原料的性质也影响预处理系统的大小，原料组成越复杂，均匀度越差，预处理系统规模就越大；原料的性质和选择的发酵方式不同，发酵系统的大小也存在差异，条垛式发酵场地占用面积大；产品类型则决定加工系统的规模，有机-无机复混肥比例越大，加工系统规模相应也越大。
4，系统连接
由于各系统在时间和空间上都有相对的独立性，有机肥生产体系是否完善依赖于系统间的有机衔接。布局设计中，通常通过建筑物连接、设备连接和工艺连接将各系统整合成一个有机整体。如在同一建筑物或车间内划分不同的功能区域，或者比邻的建筑物见通过传输设备实现物料转移，或者通过翻堆设备实现物料位移等。系统连接方式不是单一的，它受场地、原料形式和资金状况等因素制约。在实际设计过程中，应注意生产运行路线的便捷，管线经济合理的工程技术要求；工程平面布置力求经济、合理，充分利用土地；在便于施工、便于安装和便于维护的前提下，使近期工程哥处构筑物尽量集中，节约用地，并使工程区环境与周围环境协调一致。
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