有机肥堆肥间的屋顶形状选择舍内换气良好的形式，发酵车间和陈化车间水汽较大，应采用合理的通风设置，目前常采用双向墙面开创对流和屋顶高窗换气的方式进行。当堆肥设施设计有除臭系统时，可以对车间内通风和换气起到较好的效果。
屋架使用钢结构，屋面可采用彩钢板或阳光板结构；采用适宜的跨度设置，横宽较宽时，考虑设置中柱。柱、梁结构可能会遭到堆肥发酵产生化学物质的腐蚀，采用铁质材料时应做好防腐处理。
关于堆肥间的屋顶形状，小规模堆肥舍一般采用一面坡屋顶，大规模的堆肥舍多采用人字形屋顶。在选择屋顶形状时，必须充分考虑内部换气。人字形屋顶，在中央的屋脊部大多设置高窗。如果堆肥舍内部的换气良好，铁架部分生锈现象极少。
屋顶材料采用堆肥干燥的通透性良好的材质。在多雪地区，选择积雪易于滑落的材质和安装方法。屋顶材料采用太阳光线通透良好的阳光板结构可以有效地促进堆肥干燥。
堆肥间由于堆肥的产热，积雪易于滑落，特别是多雪的地区，为了不妨碍积雪滑落，考虑屋顶材料的固定方法也很重要。另外，如果滑落的积雪积累，可阻碍屋顶积雪的滑落，同时对设施形成巨大的侧面压，因此，必须对堆肥间的侧面进行除雪处理。
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