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     当发酵温度上升到45℃以上时，即进入高温阶段。除少部分残留下来的和新形成的水溶性的有机物继续分解外，复杂的有机物，如半纤维素、纤维素等开始强烈的分解，同事腐殖质开始形成，出现了能溶于碱的黑色物质。这一阶段主要是嗜热性微生物开始活动。通常在50℃左右活动的主要是嗜热性真菌和放线菌；温度上升到60℃以上时，真菌（丝状真菌等）几乎全部停止了活动，嗜热放线菌和细菌（芽抱杆菌等）的活动占优势；到了70℃以上，微生物大量死亡或进入休眠状态，因此温度又会下降，当低于70℃时，休眠好热的微生物又重新活跃起来并产生新的热量，经过反复几次在70℃的高温水平，腐殖质已经基本形成，发酵物料基本趋于初步稳定。在高温阶段，嗜热性微生物按其活性，又可分为：对数生长期、减速生长期、内源呼吸期。很多的嗜热微生物，包括细菌，放线菌和丝状真菌，是分解纤维素和果胶类物质能力很强的微生物，因此，在高温阶段，纤维素，果胶类物质被大量分解。